[파이썬][라이브러리] RDKit에 대해
해당 정보는 RDKit 공식 홈페이지 문서를 기반으로 작성되었습니다.
공식 깃허브 홈페이지는 rdkit
RDKit이란?
RDKit은 cheminformatics 툴킷이라고 불리는 화학 정보학 오픈소스 라이브러리이다. 화학물질의 구조정보를 담보있는 파일형식의 데이터 또는 구조를 그리거나 해석해야하는 상황에서 자주 사용되는 툴이다.
대표적으로 사용할 수 있는 프로젝트에는 독성물질 예측과 같은 분석이나 신약 개발과 같은 개발에 사용된다.
rdkit 설치 방법
$ pip install rdkit
- pip을 통해서 쉽게 간편하게 설치가 가능하다.
$ conda install rdkit
- conda 가상환경에 설치도 가능하다.
rdkit을 통해서 간단하게 분자구조 그려보기
우리가 여기서 알아야할 것은 rdkit을 통해서 그릴 분자구조 화학식의 경우 ASCII 문자열을 사용한 화학구조 설명법으로 SMILES라는 화학 결합 방식을 통해서 사용한다.
- SMILES의 예시
- N=N 구조는 N#N
- CH3-N=C=O 구조는 CN=C=O
[사진 출처 : 나무위키]
우리가 그려볼 것은 타이레놀의 아세트아미노펜 또는 파라세타몰이라는 타이레놀 성분이다.
SMILES 코드 검색
SMILES 코드가 궁금하다면 PubChem 사이트를 이용하는 걸 추천한다. 이름 검색으로 보다 쉽게 SMILES 코드를 구할 수 있다.
구현하기
from rdkit import Chem
import matplotlib.pyplot as plt
- 필요한 라이브러리 불러오기
smiles = 'CC(=O)NC1=CC(=C(C=C1)O)CN2CCN(C2)CC3=C(C=CC(=C3)NC(=O)C)O' # 아세트아미노펜의 SMILES 코드
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
- 우리가 흔히 mol 이라고 부르는데 분자를 표시할 때 많이 쓰이는 방식이다.
mol
- 이런식의 분자구조를 띄고 있는 것을 확인할 수 있다.